In accordo con le autorità locali, a partire dal 2001 Emergency ha avviato un programma per offrire assistenza sanitaria ai detenuti delle maggiori carceri afgane. In alcuni casi, Emergency si è anche fatta carico della ristrutturazione dei servizi igienici, dello scavo di pozzi per l'acqua potabile, della costruzione di aree esterne per assicurare ai prigionieri pause regolari all'aria aperta.

Da luglio 2000 alla fine del 2003, Emergency è intervenuta nel carcere di Duab, valle del Panshir.
 
Dal 2002 al 2004 Emergency ha prestato assistenza ai prigionieri del carcere di Sheberghan, nella provincia settentrionale di Jowzjan, dove erano sospesi i più elementari diritti umani.
 
A partire dal 2003 ha aperto a Kabul cinque cliniche nel carcere di Pol-i-Charkhi, una clinica nel carcere governativo, una nel carcere investigativo, una nel carcere femminile e una nel carcere minorile (Juvenile rehabilitation centre).
 
Nel 2006 ha aperto una clinica all'interno del carcere di Lashkar-gah, nel distretto di Helmand.
Oltre a garantire l'assistenza sanitaria, Emergency ha periodicamente distribuito ai detenuti generi di prima necessità: cibo, materiali per l'igiene personale, indumenti.