Nel 1995 Emergency ha riattivato il piccolo ospedale di Choman, un paese al confine con l'Iran, inviando in loco attrezzature e personale specializzato in chirurgia di guerra.

Nel 1996 Emergency ha aperto il Centro chirurgico per vittime di guerra a Sulaimaniya. Il Centro era il primo ospedale gratuito specializzato nella cura di tutte le ferite da armi da fuoco, bombe e mine, e nella riabilitazione delle vittime di guerra. Nel corso degli anni si sono aggiunte la riabilitazione per lesionati spinali, la chirurgia oculistica di emergenza e secondaria e il trattamento di pazienti ustionati pediatrici (1997) e adulti (2003).

Nel 1998 Emergency ha costruito un secondo Centro chirurgico a Erbil, un'area fino ad allora inaccessibile alle ambulanze per l'inagibilità delle strade e per il conflitto in atto tra i due principali partiti curdi (Erbil rientrava nella zona controllata dal Partito democratico del Kurdistan, Sulaimaniya nella regione controllata dall'Unione patriottica del Kurdistan). Anche il Centro chirurgico di Erbil è stato ampliato: nel 2000 con un'unità ustionati pediatrici, nel 2002 con un reparto interamente dedicato ai pazienti con lesioni spinali, nel 2003 con un'unità dedicata alla cura di ustionati adulti.

Nei primi mesi del 2004 Emergency, constatata la completa autonomia raggiunta dallo staff locale e le adeguate disponibilità economiche delle autorità curde, ha iniziato a predisporre il passaggio di consegne dei due centri chirurgici e della rete dei Fap ai locali ministeri della Sanità. Il trasferimento di tutte le responsabilità si è concluso con la presa in carico delle strutture da parte delle autorità sanitarie curde il 30 aprile 2005. Oggi entrambi i Centri chirurgici sono integrati nel sistema sanitario nazionale.